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三小虫在生活和感情上遇到了前所未有的困境，睿丞和瀛太邀请冠强一起上山抓虫经过一晚的相处过后，三人开始重新审视各自的人生。冠强回到家中反省了自己的错误得到了晓筑的原谅，嘉瑾也因无法割舍旧爱与瀛太再度和好。以茗在返回法国之前被众人带回了虫音居，她意外的发现虫音居已经被睿丞买下，睿丞的这个行为深深

朗元因为冠强的一意孤行终止了研究昆虫的计划，双方之间的父子关系也已经名存实亡。以茗陪伴睿丞渡过了她在木宁村的最后一晚便悄然离去，这让睿丞感到伤心不已。五年后，睿丞成为了一家房屋中介的销售冠军，以茗想通过睿丞的帮助卖掉虫音居中的房屋。三小虫的感情纷纷受挫，嘉瑾向瀛太提出分手，以茗表达爱意被睿丞拒绝，就连晓筑也无法忍受冠强的行为而执意离婚。

冠强因贩卖保育类昆虫被捕后向警方缴纳了高额的罚款，这件事引起了众人的不满，冠强声称卖虫赚钱是为了怀孕的晓筑，而他也放弃了攻读博士的机会开始创业打拼。新学期伊始，睿丞已经是昆虫系大四的学长，在一次对新生的课外指导中，睿丞遇到了刚刚回国的以茗。冠强一改往日的学生模样变成了地地道道的商人，三小虫之间的关系也因此产生了裂痕。

尚伟因为忙于昆虫的研究将乔乔一人留在了森林中，这件事惹得以茗十分生气，而尚伟也一再向以茗表示歉意。尚伟要回到巴黎昆虫馆作研究简报，他和乔乔离别的场面让以茗十分不忍，以茗为了能让乔乔得到失之已久的父爱，她拒绝了睿丞的追求和尚伟再度和好。三小虫将睿丞爸爸制作的蜂蜜拿到街上售卖但却无人问津，几人并不知道其实冠强一度在暗中帮助虫商抓取保育类昆虫。

昆虫系和巴黎昆虫馆正式签约合作，以茗将在木宁村对树冠层昆虫进行研究，但由于乔乔的病情需要有人照顾，以茗只好将手头的工作暂时交给冠强处理。睿丞极力劝说以茗继续投身研究工作，并表示他会帮助以茗照顾好乔乔。以茗的前夫刘尚伟独自来到木宁村展开研究，他声称要和睿丞同时追求以茗。睿丞发现自己在对待以茗的问题上完全输给尚伟，而尚伟此时也提出了要带以茗和乔乔回法国的想法。

启太满足了和瀛太共同露营的心愿后离开了虫音居，瀛太则取消了提前毕业的念头打算与冠强和睿丞共同毕业。玉涵带着乔乔到医院进行身体检查，医生经过诊断后确认乔乔已经不再属于有着心理障碍的儿童。以茗开始协助朗元对木宁村的树冠层昆虫进行研究，众人得知此事后纷纷表态要帮助以茗一起收集昆虫资料。睿丞假装成以茗